№398, Исследование состава микробиоты толстого кишечника детей методом ПЦР, тест-система ЭНТЕРОФЛОР. Дети (Real-time PCR analysis of the children’s gut microbiota composition (ENTEROFLOR Kiddy Kit))

Синонимы: Анализ кала на микробиоту.

ENTEROFLOR Kiddy REAL-TIME PCR; Analysis of gut microbiota composition in stool samples from children by real-time PCR.

Краткое описание исследования «Исследование состава микробиоты толстого кишечника детей методом ПЦР, тест-система ЭНТЕРОФЛОР. Дети»

Функции и значение микробиоты кишечника

Микробиота кишечника человека – сложная система множества микроорганизмов (бактерий, грибов, вирусов, простейших), которые находятся во взаимодействии между собой и с организмом человека. Микробиота кишечника вовлечена в процессы пищеварения, в том числе с участием ферментов, которые отсутствуют у человека, важна для метаболизма жиров и углеводов. Синтезируемые микробиотой промежуточные метаболиты значимы для поддержания нормальных функций кишечника и здоровья человека в целом, они служат важным энергетическим субстратом для клеток эпителия, влияют на секрецию гормонов эндокринными клетками кишечника и моторику кишечника. Нормальная микрофлора участвует в обеспечении защиты от внедрения других бактерий и размножения патогенных организмов. Многочисленные данные свидетельствуют о том, что выраженные изменения в количестве и функции кишечных микроорганизмов (дисбактериоз, дисбиоз кишечника) могут играть роль в развитии различных заболеваний, как желудочно-кишечных, так и прочих, включая метаболические, аллергические, респираторные, неврологические и пр.

Формирование микробиоты кишечника в детском возрасте – длительный динамичный процесс. Кишечная микробиота младенцев, рожденных естественным путем или путем кесарева сечения, доношенных или недоношенных, при грудном или искусственном вскармливании – имеет свои особенности. Применение антибиотиков уменьшает общее разнообразие микроорганизмов (делая кишечную экосистему менее устойчивой к неблагоприятным воздействиям окружающей среды), приводит к увеличению содержания потенциально патогенных и резистентных видов. Определенные особенности питания, острые кишечные инфекции, паразитарные инвазии, нерациональный прием медикаментов и прочие факторы риска могут приводить к значимым сдвигам биоценоза кишечника. Нарушения формирования микробиоты у детей в раннем возрасте может иметь долговременные последствия и способствовать развитию заболеваний в более зрелом возрасте.

Краткий обзор информации о нормальном составе микробиоты кишечника и ее особенностях в детском возрасте см. здесь.

Методы определения качественного состава и количественной оценки микрофлоры толстого кишечника, особенности тест-системы «ЭНТЕРОФЛОР. Дети.»

Стандартным методом исследования состава микробиоты человека является культуральный метод (микробиологический посев). Однако 50-80% микроорганизмов, составляющих кишечную микробиоту, являются трудно культивируемыми и не выявляются микробиологическим методом, таким образом, микробиологические методы не отражают в полной мере реального состояния микрофлоры кишечника и ее биоразнообразия. Кроме того, результаты посева напрямую зависят от сохранения жизнеспособности микроорганизмов.

В последнее время значительное распространение получили молекулярно-генетические методы исследования. Метод секвенирования нового поколения (NGS) позволяет определять микроорганизмы с точностью до вида и вычислять соотношения между видами, именно по данным исследований NGS были определены таксоны, наиболее релевантные для повседневных исследований другими методами. Однако использование этого подхода как рутинного метода исследований затруднено. Метод ПЦР в реальном времени для исследования микробиоты более доступен для использования в клинической практике – это точное и быстрое количественное определение микроорганизмов в образце с использованием видоспецифичных или группоспецифичных праймеров и последующей нормализацией полученных результатов на количество копий генов-мишеней. Используемый формат исследования позволяет сочетать выявление крупных таксонов с детекцией нескольких ключевых видов и/или субпопуляций микробиоты.

В мультиплексном исследовании «ЭНТЕРОФЛОР. Дети» (разработка компании «ДНК-технология») для оценки состава микробиоты толстого кишечника детей возрастом до 14 лет методом ПЦР в режиме реального времени включены таксоны, составляющие не менее 99,9% суммарной прокариотической массы фекалий ребенка. Согласно имеющимся данным, были выделены функциональные таксономические группы, объединенные по основным метаболическим характеристикам и воздействию на организм хозяина. Таким образом, выявляемые в наборе реагентов «ЭНТЕРОФЛОР. Дети» таксоны детализированы до уровня клинической значимости с учетом возраста ребенка.

С какой целью выполняют исследование

Тест-система предназначена для оценки состояния микробиоты (нормобиоз/дисбиоз) с учетом долей нормобиоты и условно-патогенной микробиоты в общем количестве бактерий (ОБМ):

• количественная оценка представителей нормобиоты (филумы Actinobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria), условно-патогенной микробиоты и грибов рода Candida;
• оценка разнообразия нормальной микробиоты;
• определение количества бифидо- и лактобактерий;
• определение видов бифидобактерий;
• расчет соотношения Firmicutes/Bacteroidetes;
• оценка присутствия представителей таксона Bacteroidetes;
• определение факторов патогенности и резистентности, гена метициллинрезистентности Staphylococcus spp. (mecA), Cl. difficile с генами энтеротоксинов А и В (tcdA, tcdB), Str. agalactiae с геном инвазивности (srr2).

Литература

1. Волынец Г. В., Никитин А. В., Скворцова Т. А. Кишечный микробиом и современные методы его исследования у детей //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 4.
2. Гаус О. В., Беляков Д. Г. Современные взгляды на роль кишечной микробиоты в формировании патологии кишечника //РМЖ. – 2021. – Т. 29. – №. 4. – С. 10-16.
3. Клименко Е. С. и др. Коморбидность функциональных расстройств кишечника и ожирения с точки зрения микробиом //Acta Biomedica Scientifica. – 2022. – Т. 7. – №. 5-2. – С. 56-66.
4. Козловский А. А. Актуальные аспекты дисбактериоза кишечника у детей //Педиатрия. Восточная Европа. – 2022. – Т. 10. – №. 4. – С. 576-590.
5. Николаева И. В., Царегородцев А. Д., Шайхиева Г. С. Формирование кишечной микробиоты ребенка и факторы, влияющие на этот процесс //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2018. – Т. 63. – №. 3. – С. 13-18.
6. Отраслевой Стандарт 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника» Министерства Здравоохранения РФ.
7. Пахомовская Н. Л., Венедиктова М. М. Влияние микробиоты ребенка первого года жизни на его развитие //Медицинский совет. – 2018. – №. 2. – С. 195-200.
8. Сафина, Д.Д. с соавт.. Микробиота кишечника и ее значение для здоровья человека. Вестник современной клинической медицины. – 2021. – Т. 14, вып. 5. – С.81–94.
9. Харитонова Л. А. и др. Микробиота и здоровье ребенка: задачи медицинской практики //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 1. – С. 5-13.
10. Юдина Ю. В. и др. Микробиота кишечника как отдельная система организма //Доказательная гастроэнтерология. – 2019. – Т. 8. – №. 4-5. – С. 36-43.
11. Юдина Ю. В. и др. Особенности микробиоты кишечника у детей в возрасте 1-5 лет с атопическим дерматитом //Вопросы детской диетологии. – 2021. – Т. 19. – №. 2. – С. 5-13.
12. Di Guglielmo M. D. et al. Impact of Early Feeding: Metagenomics Analysis of the Infant Gut Microbiome //Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. – 2022. – С. 240.
13. Gibson M. K., Crofts T. S., Dantas G. Antibiotics and the developing infant gut microbiota and resistome // Current opinion in microbiology. – 2015. – Т. 27. – С. 51-56.
14. Haarman M., Knol J. Quantitative real-time PCR assays to identify and quantify fecal Bifi dobacterium species in infants receiving a prebiotic infant formula //Applied and environmental microbiology. – 2005. – Т. 71. – №. 5. – С. 2318-2324.
15. Li P. et al. Dynamic colonization of gut microbiota and its infl uencing factors among the breast-feeding infants during the fi rst two years of life //Journal of Microbiology. – 2022. – С. 1-15.
16. Litvak Y. et al. Dysbiotic Proteobacteria expansion: a microbial signature of epithelial dysfunction // Current opinion in microbiology. – 2017. – Т. 39. – С. 1-6.
17. Long G. et al. The Infl uence of Cesarean Section on the Composition and Development of Gut Microbiota During the First 3 Months of Life //Frontiers in Microbiology. – 2021. – С. 2343.
18. Sommer F. et al. The resilience of the intestinal microbiota infl uences health and disease //Nature Reviews Microbiology. – 2017. – Т. 15. – №. 10. – С. 630-638.
19. Stewart C. J. et al. Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study //Nature. – 2018. – Т. 562. – №. 7728. – С. 583-588.
20. Tirone C. et al. Gut and lung microbiota in preterm infants: immunological modulation and implication in neonatal outcomes //Frontiers in immunology. – 2019. – Т. 10. – С. 2910.
21. Информационный буклет: ЭНТЕРОФЛОР® ДЕТИ.
22. Сайт компании «ДНК-технология».

Правила подготовки к исследованию

Специальной подготовки к исследованию не требуется.

Исследование рекомендовано проводить не ранее, чем через два дня после окончания приема энтеросорбентов, про- и пребиотиков.

Кал или меконий собрать в контейнер с крышкой в количестве одной мерной ложки, плотно закрыть (см. инструкцию).

Литература

1. Волынец Г. В., Никитин А. В., Скворцова Т. А. Кишечный микробиом и современные методы его исследования у детей //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 4.
2. Гаус О. В., Беляков Д. Г. Современные взгляды на роль кишечной микробиоты в формировании патологии кишечника //РМЖ. – 2021. – Т. 29. – №. 4. – С. 10-16.
3. Клименко Е. С. и др. Коморбидность функциональных расстройств кишечника и ожирения с точки зрения микробиом //Acta Biomedica Scientifica. – 2022. – Т. 7. – №. 5-2. – С. 56-66.
4. Козловский А. А. Актуальные аспекты дисбактериоза кишечника у детей //Педиатрия. Восточная Европа. – 2022. – Т. 10. – №. 4. – С. 576-590.
5. Николаева И. В., Царегородцев А. Д., Шайхиева Г. С. Формирование кишечной микробиоты ребенка и факторы, влияющие на этот процесс //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2018. – Т. 63. – №. 3. – С. 13-18.
6. Отраслевой Стандарт 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника» Министерства Здравоохранения РФ.
7. Пахомовская Н. Л., Венедиктова М. М. Влияние микробиоты ребенка первого года жизни на его развитие //Медицинский совет. – 2018. – №. 2. – С. 195-200.
8. Сафина, Д.Д. с соавт.. Микробиота кишечника и ее значение для здоровья человека. Вестник современной клинической медицины. – 2021. – Т. 14, вып. 5. – С.81–94.
9. Харитонова Л. А. и др. Микробиота и здоровье ребенка: задачи медицинской практики //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 1. – С. 5-13.
10. Юдина Ю. В. и др. Микробиота кишечника как отдельная система организма //Доказательная гастроэнтерология. – 2019. – Т. 8. – №. 4-5. – С. 36-43.
11. Юдина Ю. В. и др. Особенности микробиоты кишечника у детей в возрасте 1-5 лет с атопическим дерматитом //Вопросы детской диетологии. – 2021. – Т. 19. – №. 2. – С. 5-13.
12. Di Guglielmo M. D. et al. Impact of Early Feeding: Metagenomics Analysis of the Infant Gut Microbiome //Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. – 2022. – С. 240.
13. Gibson M. K., Crofts T. S., Dantas G. Antibiotics and the developing infant gut microbiota and resistome // Current opinion in microbiology. – 2015. – Т. 27. – С. 51-56.
14. Haarman M., Knol J. Quantitative real-time PCR assays to identify and quantify fecal Bifi dobacterium species in infants receiving a prebiotic infant formula //Applied and environmental microbiology. – 2005. – Т. 71. – №. 5. – С. 2318-2324.
15. Li P. et al. Dynamic colonization of gut microbiota and its infl uencing factors among the breast-feeding infants during the fi rst two years of life //Journal of Microbiology. – 2022. – С. 1-15.
16. Litvak Y. et al. Dysbiotic Proteobacteria expansion: a microbial signature of epithelial dysfunction // Current opinion in microbiology. – 2017. – Т. 39. – С. 1-6.
17. Long G. et al. The Infl uence of Cesarean Section on the Composition and Development of Gut Microbiota During the First 3 Months of Life //Frontiers in Microbiology. – 2021. – С. 2343.
18. Sommer F. et al. The resilience of the intestinal microbiota infl uences health and disease //Nature Reviews Microbiology. – 2017. – Т. 15. – №. 10. – С. 630-638.
19. Stewart C. J. et al. Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study //Nature. – 2018. – Т. 562. – №. 7728. – С. 583-588.
20. Tirone C. et al. Gut and lung microbiota in preterm infants: immunological modulation and implication in neonatal outcomes //Frontiers in immunology. – 2019. – Т. 10. – С. 2910.
21. Информационный буклет: ЭНТЕРОФЛОР® ДЕТИ.
22. Сайт компании «ДНК-технология».

Литература

1. Волынец Г. В., Никитин А. В., Скворцова Т. А. Кишечный микробиом и современные методы его исследования у детей //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 4.
2. Гаус О. В., Беляков Д. Г. Современные взгляды на роль кишечной микробиоты в формировании патологии кишечника //РМЖ. – 2021. – Т. 29. – №. 4. – С. 10-16.
3. Клименко Е. С. и др. Коморбидность функциональных расстройств кишечника и ожирения с точки зрения микробиом //Acta Biomedica Scientifica. – 2022. – Т. 7. – №. 5-2. – С. 56-66.
4. Козловский А. А. Актуальные аспекты дисбактериоза кишечника у детей //Педиатрия. Восточная Европа. – 2022. – Т. 10. – №. 4. – С. 576-590.
5. Николаева И. В., Царегородцев А. Д., Шайхиева Г. С. Формирование кишечной микробиоты ребенка и факторы, влияющие на этот процесс //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2018. – Т. 63. – №. 3. – С. 13-18.
6. Отраслевой Стандарт 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника» Министерства Здравоохранения РФ.
7. Пахомовская Н. Л., Венедиктова М. М. Влияние микробиоты ребенка первого года жизни на его развитие //Медицинский совет. – 2018. – №. 2. – С. 195-200.
8. Сафина, Д.Д. с соавт.. Микробиота кишечника и ее значение для здоровья человека. Вестник современной клинической медицины. – 2021. – Т. 14, вып. 5. – С.81–94.
9. Харитонова Л. А. и др. Микробиота и здоровье ребенка: задачи медицинской практики //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 1. – С. 5-13.
10. Юдина Ю. В. и др. Микробиота кишечника как отдельная система организма //Доказательная гастроэнтерология. – 2019. – Т. 8. – №. 4-5. – С. 36-43.
11. Юдина Ю. В. и др. Особенности микробиоты кишечника у детей в возрасте 1-5 лет с атопическим дерматитом //Вопросы детской диетологии. – 2021. – Т. 19. – №. 2. – С. 5-13.
12. Di Guglielmo M. D. et al. Impact of Early Feeding: Metagenomics Analysis of the Infant Gut Microbiome //Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. – 2022. – С. 240.
13. Gibson M. K., Crofts T. S., Dantas G. Antibiotics and the developing infant gut microbiota and resistome // Current opinion in microbiology. – 2015. – Т. 27. – С. 51-56.
14. Haarman M., Knol J. Quantitative real-time PCR assays to identify and quantify fecal Bifi dobacterium species in infants receiving a prebiotic infant formula //Applied and environmental microbiology. – 2005. – Т. 71. – №. 5. – С. 2318-2324.
15. Li P. et al. Dynamic colonization of gut microbiota and its infl uencing factors among the breast-feeding infants during the fi rst two years of life //Journal of Microbiology. – 2022. – С. 1-15.
16. Litvak Y. et al. Dysbiotic Proteobacteria expansion: a microbial signature of epithelial dysfunction // Current opinion in microbiology. – 2017. – Т. 39. – С. 1-6.
17. Long G. et al. The Infl uence of Cesarean Section on the Composition and Development of Gut Microbiota During the First 3 Months of Life //Frontiers in Microbiology. – 2021. – С. 2343.
18. Sommer F. et al. The resilience of the intestinal microbiota infl uences health and disease //Nature Reviews Microbiology. – 2017. – Т. 15. – №. 10. – С. 630-638.
19. Stewart C. J. et al. Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study //Nature. – 2018. – Т. 562. – №. 7728. – С. 583-588.
20. Tirone C. et al. Gut and lung microbiota in preterm infants: immunological modulation and implication in neonatal outcomes //Frontiers in immunology. – 2019. – Т. 10. – С. 2910.
21. Информационный буклет: ЭНТЕРОФЛОР® ДЕТИ.
22. Сайт компании «ДНК-технология».

Интерпретация результатов исследования содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Информацию из этого раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследования, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т.д.

Единицы измерения: Lg (ГЭ/г) (десятичный логарифм количества геном-эквивалентов микроорганизмов и факторов патогенности или резистентности в 1,0 г клинического материала).

Диапазон измерения: от 10^5 до 10^12 КОЕ/г, что соответствует от 5 до 12 Lg ГЭ/1г.

Трактовка результатов исследования «Исследование состава микробиоты толстого кишечника детей методом ПЦР, тест-система ЭНТЕРОФЛОР. Дети»

Микробиота кишечника человека представляет собой сложную, динамичную систему, состоящую из множества групп микроорганизмов, которые взаимодействуют между собой и с организмом человека, выполняя ряд важных функций. Наиболее корректно оценивать микробиоту кишечника, рассматривая все группы микроорганизмов как компоненты одного целого. В исследование ЭНТЕРОФЛОР. Дети входят 43 показателя, соответствующие не менее 99,9% микробиоты кишечника детей.

Состояние нормобиоза отражает динамичное равновесие между компонентами микробиоты (с преобладанием представителей нормобиоты). Возможные отклонения от нормы отдельных представителей нормобиоты в ту или иную сторону могут взаимно компенсироваться. Это связано с функциональной избыточностью микробиоты: ряд функций может выполняться представителями разных групп микроорганизмов.

Литература

1. Волынец Г. В., Никитин А. В., Скворцова Т. А. Кишечный микробиом и современные методы его исследования у детей //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 4.
2. Гаус О. В., Беляков Д. Г. Современные взгляды на роль кишечной микробиоты в формировании патологии кишечника //РМЖ. – 2021. – Т. 29. – №. 4. – С. 10-16.
3. Клименко Е. С. и др. Коморбидность функциональных расстройств кишечника и ожирения с точки зрения микробиом //Acta Biomedica Scientifica. – 2022. – Т. 7. – №. 5-2. – С. 56-66.
4. Козловский А. А. Актуальные аспекты дисбактериоза кишечника у детей //Педиатрия. Восточная Европа. – 2022. – Т. 10. – №. 4. – С. 576-590.
5. Николаева И. В., Царегородцев А. Д., Шайхиева Г. С. Формирование кишечной микробиоты ребенка и факторы, влияющие на этот процесс //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2018. – Т. 63. – №. 3. – С. 13-18.
6. Отраслевой Стандарт 91500.11.0004-2003 «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника» Министерства Здравоохранения РФ.
7. Пахомовская Н. Л., Венедиктова М. М. Влияние микробиоты ребенка первого года жизни на его развитие //Медицинский совет. – 2018. – №. 2. – С. 195-200.
8. Сафина, Д.Д. с соавт.. Микробиота кишечника и ее значение для здоровья человека. Вестник современной клинической медицины. – 2021. – Т. 14, вып. 5. – С.81–94.
9. Харитонова Л. А. и др. Микробиота и здоровье ребенка: задачи медицинской практики //Российский вестник перинатологии и педиатрии. – 2022. – Т. 67. – №. 1. – С. 5-13.
10. Юдина Ю. В. и др. Микробиота кишечника как отдельная система организма //Доказательная гастроэнтерология. – 2019. – Т. 8. – №. 4-5. – С. 36-43.
11. Юдина Ю. В. и др. Особенности микробиоты кишечника у детей в возрасте 1-5 лет с атопическим дерматитом //Вопросы детской диетологии. – 2021. – Т. 19. – №. 2. – С. 5-13.
12. Di Guglielmo M. D. et al. Impact of Early Feeding: Metagenomics Analysis of the Infant Gut Microbiome //Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. – 2022. – С. 240.
13. Gibson M. K., Crofts T. S., Dantas G. Antibiotics and the developing infant gut microbiota and resistome // Current opinion in microbiology. – 2015. – Т. 27. – С. 51-56.
14. Haarman M., Knol J. Quantitative real-time PCR assays to identify and quantify fecal Bifi dobacterium species in infants receiving a prebiotic infant formula //Applied and environmental microbiology. – 2005. – Т. 71. – №. 5. – С. 2318-2324.
15. Li P. et al. Dynamic colonization of gut microbiota and its infl uencing factors among the breast-feeding infants during the fi rst two years of life //Journal of Microbiology. – 2022. – С. 1-15.
16. Litvak Y. et al. Dysbiotic Proteobacteria expansion: a microbial signature of epithelial dysfunction // Current opinion in microbiology. – 2017. – Т. 39. – С. 1-6.
17. Long G. et al. The Infl uence of Cesarean Section on the Composition and Development of Gut Microbiota During the First 3 Months of Life //Frontiers in Microbiology. – 2021. – С. 2343.
18. Sommer F. et al. The resilience of the intestinal microbiota infl uences health and disease //Nature Reviews Microbiology. – 2017. – Т. 15. – №. 10. – С. 630-638.
19. Stewart C. J. et al. Temporal development of the gut microbiome in early childhood from the TEDDY study //Nature. – 2018. – Т. 562. – №. 7728. – С. 583-588.
20. Tirone C. et al. Gut and lung microbiota in preterm infants: immunological modulation and implication in neonatal outcomes //Frontiers in immunology. – 2019. – Т. 10. – С. 2910.
21. Информационный буклет: ЭНТЕРОФЛОР® ДЕТИ.
22. Сайт компании «ДНК-технология».